Kościół parafialny pw. św. Michała w Zatorach erygował biskup płocki Paweł Giżycki 4 lutego 1443 r. z fundacji Michała ze Śląska, podkomorzego warszawskiego, przydzielając mu dziesięciny z Mystkówca. Pierwotnie była to parafia jednowioskowa, wydzielona z parafii Pniewo. W 1538 r. dołączono do niej z parafii Dzierżenin wioskę Wielęcin, który obecnie należy do parafii Popowo. Na początku XVII w. nieduży, drewniany kościół posiadał 3 ołtarze. Ok. 1640 r. zastąpiono go nowym (21 x 11 m), pw. św. Małgorzaty, który konsekrował biskup pomocniczy Wojciech Tolibowski herbu Nałęcz w 1649 r. Rozebrano go w 1819 r.
W latach 1819-1821 ks. Jerzy Dzwonkowski z fundacji Mikołaja Glinki wzniósł murowaną świątynię. Pozostawał on niewykończony aż do 1873 r. Konsekrowana była 25 września 1885 r. przez biskupa sufragana płockiego Henryka Piotra Kossowskiego.
Przebudowę kościoła i jego powiększenie przeprowadzono według projektu architekta Juliusza Lisieckiego, staraniem ks. Franciszka Kuligowskiego w latach 1913-1914. Wówczas dobudowano wieżę na frontonie. Kościół był pięknie wykończony, o czym z uznaniem wypowiadał się m.in. Józef Pius Dziekoński.
Podczas działań wojennych i ostrzału artylerii kościół doznał znacznych uszkodzeń w 1914 r.: runęła połowa wieży, dach i sklepienie, zniszczone zostało wnętrze. W październiku i listopadzie 1915 r. w parku dworskim wybudowano mały, drewniany kościół. W 1923 r. powołano komitet odbudowy kościoła, któremu przewodniczyli książę Artur Radziwiłł i ks. Piotr Jakubiak. W czerwcu 1926 r. zaczęto w nim ponownie odprawiać nabożeństwa. W 1934 r. staraniem ks. Władysława Delugi polichromię wnętrza wykonał Bronisław Brykner; odnowiono je w latach 1958-1959. Natomiast w latach 1995-1996 kościół został na nowo pomalowany przez Tomasza Zywerta. Biskup sufragan płocki Leon Wetmański 20 maja 1938 r. konsekrował kościół.
Wyposażenie wnętrza stanowią: murowany ołtarz główny z figurą Serca Jezusowego z piaskowca, oraz dwa ołtarze boczne: NMP (w kaplicy z obrazem Madonny z Dzieciątkiem) i św. Małgorzaty (alabastrowy, 1934-1935 r.).
W latach 1994-1999 została wybudowana nowa plebania. Staraniem kolejnych proboszczów parafii Zatory: ks. Waleriana Niewiadomskiego i ks. Mirosława Danielskiego, po jubileuszowym roku 2000, odnowiono wnętrze kościoła, ułożono marmurową posadzkę w prezbiterium i zamontowano cztery nowe witraże, zostały też wymienione rynny przydachowe.
Msze Święte:
Niedziela: 9:00, 11:00, 16:00
Dni Powszednie: 9:00, 16:00
